Реальный мир
После того как Дэзмонд и команда нашли "Яблоко Эдема" Дэзмонд своим спрятанным клинком убил Люси и после чего упал. Шон и Ребекка взяли "Яблоко" и Дэзмонда с Люси. После того как они выбрались оттуда, Дэзмонд долго находился в коме, а Люси по хранили недалеко от виллы Аудиторе в Мантериджони. Через несколько дней, когда команда собралась уходить, вдруг Дэзмонд очнулся и сказал всем, что люди Видика запускают своих Тамплиеров в Рим 1512 год. Узнав о смерти Люси он решил спасти от гибели людей и приказал, все раскладывать на свои места и продолжать работать с объектом 17.
Снова разложив все вещи на свои места в зале под виллой, Ребекка подключает Дэзмонда к "Анимусу". В связи с некоторыми ошибками у ДНК вводится малая доза омолаживающего лекарства. В связи с ошибками в системе, это лекарство положительно действует на Эцио Аудиторе. После чего он становится моложе. Вместо 52 года, ему становится снова 34 и он в самом расцвете сил.
Как и предсказывал Дэзмонд в 1512 год в Рим "Абстерго" вводит особо опасных заключенных у которых есть связи ДНК с тамплиерами того времени. Но Видик так и продолжает искать Дэзмонда. В "Абстерго" теперь новое оборудование, с помощью которых у Тамплиеров появляется возможность "Орлиного зрения" и "Анимусы v4.3" с помощью которых они получают дополнительную информацию о людях в XVI веке. У наших же друзей всего лишь "Анимус v2.1". С помощью инструментов находившихся на вилле, Ребекка обновляет систему "Анимуса" и Дезмонд теперь может проходить заблокированные участки памяти и вести тренировку, убивая стражу.
Исторические события
После смерти всех заговорщиков Эцио встречает Кристину. Сначала она его не узнает, но позже они женятся. Оказывается, его мужа убил один из людей новой власти Рима Роберто де Росси. Его отец Папа Римский Георгий во всем поддерживает сына и своих сторонников, которые хотят убить Ассассинов. Георгий хочет провести перестройку Рима и казнь всех Ассассинов или тех, кто хотя бы видел их. Но люди восстали против разрушения достопримечательностей: Колизея и др. Георгий и его подчиненные казнят всех, кто протестует и среди них был Леонардо да Винчи. Вся власть искала "самозванца", но не находили. Эцио спрятал его в одном из села Рима Боролла. Сторонников у Георгия становится все больше и больше. Георгий, сын Роберто, друг Франческо и ещё множество Тамплиеров введенными в Рим "Абстерго". Через 3 дня Эцио замечает, что он становится моложе.